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O Projeto Ilhas do Sul contempla um tema recente, estudado atualmente em várias partes do mundo, relacionado ao manejo desses ecossistemas e a conectividade ecológica entre as populações marinhas. Ao falar de conectividade, entende-se o quanto dos seres vivos que ali estão são nativos daquele local e quantos chegam a partir de outras Ilhas ou ecossistemas.
......A conectividade entre populações é um processo importante em estudos de biologia marinha e uma informação crucial para se determinar o número e o tamanho ideal de áreas marinhas protegidas – como a Reserva Biológica Marinha do Arvoredo – para que sustentem a pesca de uma dada região, entre outros fatores ecológicos e de conservação.

......As ilhas costeiras de Santa Catarina encontram-se a uma distância variando de 10 a 100 km entre si, sugerindo a ocorrência de forte conectividade entre aspopulações de peixes e invertebrados dessas ilhas. Acredita-se que as ilhas do norte abasteçam de larvas as ilhas do sul. Isso porque, a costa catarinense é fortemente influenciada por uma corrente marinha dominante na direção norte-sul, denominada Corrente do Brasil.
......Com o efeito da baixa temperatura, os organismos de origem tropical vão se tornando mais raros, apresentando menos larvas, restringindo sua distribuição. Assim, para muitos organismos Santa Catarina pode representar o limite sul de sua distribuição.
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